CODOC – An automated multi-target molecular docking

O que é

Trata-se de uma interface gráfica para automatizar o processo de triagem virtual multialvo gerenciando a aplicação de outros softwares de código aberto que são fornecidos apenas para execução em terminal de comando (AutoDockVina e Vina-GPU). O CODOC permite que grupos de pesquisa que dispõe de recursos computacionais limitados, sem clusters dedicados a computação de alta performance, possam realizar a preparação de bases de ligante, alvos protéicos e execução de triagens por meio do método de docking molecular.

Ele permite ao usuário escolher entre o uso da CPU, para bases de centenas ou milhares de ligantes, ou da GPU para abordagem de conjuntos maiores, que podem chegar a milhões de ligantes. No processo são gerados dataframes no formato .csv contendo informações fisico-químicas e estruturais dos ligantes e resultados de pose organizados em pastas por alvo e subpastas por banco de dados de ligantes. Esta ferramenta foi escrita em Shell/Bash e usa o YAD para gerar a interface gráfica do usuário (GUI).

Disponível para

Distribuição gratuita

INFORMAÇÕES DO PROGRAMA

NÚMERO: BR512024004407-8

STATUS: Registrada em 26/11/2024

TITULARES: Universidade Federal do Paraná

AUTORES: Roberto Pontarolo, Allan Michael Junkert, Gustavo Henrique Scheiffer e Moisés Maia Neto

CAMPOS DE APLICAÇÃO: Química; Farmacologia

TIPO DE PROGRAMA: Automação; Aplicações Técnico-Científicas

PALAVRAS-CHAVE: Docking Molecular Multialvos, Triagem Virtual, Descoberta de Fármacos

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