SILA – Sistema de Anotação Automática de Genomas
O que é
A SILA é uma ferramenta de anotação automática que engloba a estratégia de Gene-Finding e de comparação de sequências utilizando o RAFTS3. Após realizar as predições, é necessário realizar a identificação das ORFs (acrônimo para Open reading frame) utilizando a ferramenta de reconhecimento de genes Prodigal como meio principal e HGF (acrônimo para Hybrid Gene Finder) como auxiliar para ajuste das ORFs encontradas pela ferramenta principal Prodigal que é utilizada para identificar as ORFs e todas elas são utilizadas à anotação principal. Após a identificação das ORFs é realizada a anotação através de 3 consultas independentes (NR, COG e Pfam). Com as 3 anotações obtidas é gerada uma quarta anotação com as características principais de cada anotação anterior, a anotação é gerada no formato GenBank (extensão .gbk).
SILA é um sistema que possui acesso online e pode ser acessado publicamente através de um cadastro simples de login, através do servidor do laboratório da bioinformática – UFPR: http://200.236.3.34/SILA.
Disponível para
Distribuição Gratuita
INFORMAÇÕES DO PROGRAMA
NÚMERO: BR5120210004230
STATUS: Registrada em 16/03/2021
TITULARES: Universidade Federal do Paraná
AUTORES: Alexandre Quadros Lejambre, Bruno Thiago de Lima Nichio, Dieval Guizelini, Fabio de Oliveira Pedrosa, Fábio Henrique Jugler, Jackson Augusto Prostt, Jeroniza Nunes Marchaukoski, Ricardo Assunção Vialle, Roberto Tadeu Raittz, Roxana Beatriz Ribeiro Chaves e Vinícius Almir Weiss
CAMPOS DE APLICAÇÃO: Biologia, Genética, Microbiologia e Bioquímica
TIPO DE PROGRAMA: Ferramenta de Apoio, Gerador de Gráfico, Gerador de Relatório e Instrumentação Analítica
PALAVRAS-CHAVE: Inteligência Artificial, Data mining, Extração de características, Anotação genômica