NifFINDER – Rede Neuronal Artificial aplicada à busca de proteínas Nif

O que é

NifFINDER é uma ferramenta desenvolvida em MATLAB voltada à identificação do conjunto de proteínas codificadas pelos genes nifs (que são denominadas de Nifs) conjunto de genes estes bastantes amplos e heterogêneos – compostos num total de 24 genes conhecidos – envolvidos na Fixação Biológica do Nitrogênio (FBN) e, portanto, de grande interesse biotecnológico. Para cada proteína Nif foi desenvolvida uma Rede Neuronal Artificial (RNA) baseada no modelo de aprendizado RBF (acrônimo para Radial Basis Function). NifFINDER inova-se também pelo uso do modelo vetorial SWeeP para a criação das redes e como parte integrante de seu fluxograma.

Estratégia de aplicação: O algoritmo converte cada sequência do formato FASTA (de aminoácidos) de entrada para seus respectivos vetores SWeePs (1). A RNA treinada usa a lógica booleana para a classificação de cada estrutura SWeeP: proteínas candidatas a proteínas Nif são classificadas pela rede como 1 (ou verdadeiras) e as não nif como 0 (ou falsas) (2). Por fim, NifFINDER gera como resultados structs (3) que podem ser salvas em extensão .mat (para ser lido pelo usuário através do MATLAB) e convertidos em formato FASTA (4) (de aminoácidos) para os resultados validados como verdadeiros pela rede para serem manipulados em outras plataformas pelo usuário.

Disponível para

Distribuição gratuita

INFORMAÇÕES DO PROGRAMA

NÚMERO: BR5120210012011

STATUS: Registrada em 08/06/2021

TITULARES: Universidade Federal do Paraná

AUTORES: Roberto Tadeu Raittz, Jeroniza Nunes Marchaukoski, Bruno Thiago de Lima Nichio, Fabio de Oliveira Pedrosa e Roxana Beatriz Ribeiro Chaves

CAMPOS DE APLICAÇÃO: Biologia, Genética, Microbiologia e Bioquímica

TIPO DE PROGRAMA: Ferramenta de Apoio, Geradores de Gráficos, Geradores de Relatórios e Instrumentação Analítica

PALAVRAS-CHAVE: Inteligência artificial, mineração de dados, extração de características, anotação biológica

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